در سال ۱۳۸۲ مجموعه ای از شرکت های دولتی، خصوصی و اشخاص حقیقی مالک کشتی مصمم شدند به منظور ساماندهی صنعت کشتیرانی و فعالیت در جهت حفظ منافع جمعی، فردی و صنفی کشتی داران و همچنین انسجام در فعالیت های دریایی، توسعه دریانوردی و صنایع وابسته ، ایجاد اشتغال زایی ، تقویت بخش خصوصی ، بسط فرهنگ دریایی و آموزش ، اتحادیه مالکان کشتی ایران را تشکیل دهند.

هیئت موسس ، کمیته ای متشکل از ۵ عضو را به نام کمیته اجرایی جهت پیگیری امور ثبت اتحادیه ، تعیین تا اقدامات لازم انجام گیرد و کمیته مذکور با بهره گیری از اساسنامه برخی از کشورهای پیشرو و سابقه دار در این زمینه ، اساسنامه اتحادیه را تهیه و پس از طی مراحل قانونی در تاریخ ۲۶/۰۴/۸۴ موافقت اصولی اتاق بازرگانی و صنایع معادن ایران دریافت گردید .

اولین مجمع عمومی موسس اتحادیه در اواسط مرداد ماه همین سال با حضور ۳۲ عضو حقیقی / حقوقی ، جهت انتخاب هیات مدیره و بازرسان برگزار و در نهایت اتحادیه مالکان کشتی ایران به استناد بند ( یک ) ماده ۵ قانون اتاق بازرگانی در شهریور ماه سال ۸۴ تحت شماره ۱۸۴ تاسیس و فعالیت آن رسمیت یافت .

همچنین این اتحادیه به موجب ماده۱۳۱ قانون کار جمهوری اسلامی ایران و آئین نامه مصوب دی ماه ۱۳۷۱ هیأت وزیران در تاریخ ۱۵/۱۱/۸۷ به شماره ۳۲۸/۲/۳-۳۲ در اداره کل سازمان های کارگری و کارفرمایی وزارت کار و امور اجتماعی به ثبت رسیده است .

این اتحادیه دارای شخصیت حقوقی و مالی مستقل بوده که به صورت صنفی و غیر انتفاعی اداره می شود.